Les Yo-kai, ces esprits farceurs, sont partout... mais personne ne peut les voir. Personne, sauf Nathan ! Alors, quand des Yo-kai maléfiques menacent de détruire le lien qui unit les humains aux Yo-kai, Nathan est le seul à pouvoir les en empêcher. Pour y parvenir, il va devoir voyager dans le passé, à la recherche d'un allié inattendu...